Ordet pastorat er en beskrivelse af et geografisk område, som indtil 1986 blev varetaget af en sognepræst. Nu kan der godt være flere sognepræster i et pastorat, fordi andre pastorale titler som f.eks. kapellan og residerende kapellan blev afskaffet i 1986, hvorefter alle tjenestemandsansatte præster ansat i et sogn blev kaldt sognepræster.
Skælskør-Eggeslevmagle Pastorat udgør 2 sogne, henholdsvis Skælskør Sogn og Eggeslevmagle Sogn. Begge sogne var indtil 2011 også selvstændige pastorater, men blev efter egne ønsker sammenlagt i november 2011, således at de nu udgør et samlet pastorat med 2½ præster.
Pastoratets civilregistrering varetages af kirkekontoret, som også har sekretærfunktioner i forhold til menighedsråd og sognepræsterne, samt sørger for regnskab og regninger fra kirkegården.